Білок-білкова стикування передбачення структури комплексу з урахуванням структур окремих білків. В основі методології докінгу лежить поняття стеричної та фізико-хімічної комплементарності на межі білок-білок.
На відміну від попередніх методів, які вимагають структурних знань про взаємодію, докінг використовується для моделювання структури взаємодії, утвореної двома або більше молекулами (наприклад, двома білками), коли структура взаємодії недоступна, але структури окремих молекул є…
Докінг-білки складають окрему категорію внутрішньоклітинних некаталітичних сигнальних білків, які функціонують нижче різноманітних рецепторів і рецептор-асоційованих тирозинкіназ і регулюють різноманітні фізіологічні та патологічні процеси.
Метою білково-лігандного докінгу є знайти оптимальне зв'язування між малою молекулою (лігандом) і білком. Зазвичай він застосовується до процесу відкриття та розробки ліків з метою пошуку потенційного препарату-кандидата.
Використовується молекулярний докінг щоб передбачити спосіб зв’язування малих молекул у місці зв’язування білкової мішені. Алгоритм пошуку геометрично вписує ліганд у сайт зв’язування білка, який переважно вважається жорстким.
Адаптерні білки, також відомі як докінг-білки15, відіграють вирішальну роль у опосередкованих RTK сигнальних шляхах через точно рекрутуючи специфічні молекули та керуючи сигнальними каскадами. Діючи як каркас, вони взаємодіють з різними партнерами по зв’язуванню білків, сприяючи утворенню великих сигнальних комплексів.