Церква Шотландії є пресвітеріанською за своєю структурою, керується системою місцевих, регіональних і національних «судів» або рад. «Пресвітеріанський» уряд означає розподіл повноважень у церкві між рівною кількістю «старійшин» (обраних із числа членів церкви) і служителів. 14 липня 2011 р.
Система управління Шотландською церквою є пресвітеріанською, що означає, що жодна особа чи група в Церкві не має більшого впливу чи голосу, ніж будь-яка інша. Церква не має однієї особи, яка виступає як голова віри, оскільки ця роль належить Господу Богу.
Типова пресвітеріанська теологія наголошує на суверенітеті Бога, авторитеті Святого Письма та необхідності благодаті через віру в Христа. Пресвітеріанське церковне правління було забезпечено в Шотландії Актами унії 1707 року, які створили Королівство Великобританії.
Яків VI віддавав перевагу доктринальному кальвінізму, але підтримував єпископів. Карл I запровадив реформи, які розглядалися як повернення до папської практики. Результатом стали єпископські війни 1639–1640 рр., які закінчилися фактичною незалежністю Шотландії та встановленням повністю пресвітеріанської системи домінуючими ковенантами.
У 1192 р. папська булла Cum universi відокремила шотландську церкву від архієпископства Йорка, створивши незалежну національну церкву без вищої влади, окрім папи.
Це церква Шотландії Кальвіністський пресвітеріанський; ми не визнаємо голови віри, крім Господа Бога, і жодна особа чи група в Церкві не має більшого впливу, ніж будь-яка інша.