Недоліки ESI Існує обмеження щодо вибору розчинника та діапазону розчинів, які можна використовувати. У той же час відгук мас-спектрометра на різні комплекси сильно відрізняється, що заважає точному кількісному аналізу.
Недоліки ESI–MS включають низька толерантність до забруднень у зразку та підвищена складність отриманих спектрів через наявність кількох зарядових станів (хоча деконволюція спектра дає дані порівнянної простоти з даними MALDI–TOF).
Але в EI є деякі недоліки.
- Джерело EI не підходить для летких, термічно нестабільних зразків.
- Деякі сполуки є крихкими в режимі EI і не дають точних мас-спектрів.
- Метод EI може виявляти лише позитивні іони та не виявляє негативні іони.
Одне з обмежень іонізаційних камер полягає в тому вони можуть зменшити ефективну енергетичну роздільну здатність спектрів EXAFS або XANES з роздільною здатністю в часі. Вимірювання іонізаційного струму є фактором обмеження невизначеності в іонізаційних камерах.
Недоліки. Полум'яно-іонізаційні сповіщувачі не може виявити неорганічні речовини і деякі види з високим вмістом кисню або функціональні види, такі як інфрачервоні та лазерні технології, можуть.
Основна перевага техніки електророзпилення полягає в тому, що іони набувають багаторазових зарядів залежно від їх молекулярної маси і, отже, пептиди та білки послідовно протонуються, що призводить до появи кількох пікових спектрів через різні співвідношення m/z.