PeptideCutter передбачає потенційні сайти розщеплення субстрату, розщеплені протеазами або хімічними речовинами в певній білковій послідовності. Інструмент повертає послідовність запиту з нанесеними на неї можливими місцями розщеплення та/або таблицею позицій сайтів розщеплення.
Виявлено сайти розщеплення білків шляхом ідентифікації відповідних пептидів N-CLAP, які походять від N-кінців білків, включаючи N-кінці новоутворених поліпептидних продуктів протеолітичного розщеплення.
trRosetta — це алгоритм для швидкого та точного прогнозування структури білка. Він підтримує прогнозування однопослідовної структури за допомогою trRosettaX-Single. С-КВАРК це метод ab initio прогнозування структури білка. На основі глибокого навчання передбачення карти контактів у моделюванні складання фрагментів.
PeptideCutter здійснює травлення за допомогою однієї або кількох протеаз, серед загального списку з 38, і надає детальні результати, включаючи положення сайтів розщеплення, пептидні послідовності, довжини та маси.
Протеазо-специфічне розщеплення є повсюдним типом незворотної посттрансляційної модифікації (PTM), яка відбувається, коли протеази спеціально розщеплюють пептидні зв’язки між Сайти P1 і P1' цільових білків або пептидних субстратів [1].
При визначенні протеазної активності за допомогою ультрафіолетового спектрофотометра, (20) протеаза гідролізує казеїновий субстрат при певній температурі та рН, реакція ферменту припиняється додаванням трихлороцтової кислоти, і негідролізований казеїн випадає в осад.